Sultan İkinci Selîm’ın iki oğlundan biri olan Şehzâde Murâd, Manisa'da vâli idi. Şehzâde Murâd, Hüsâmeddîn-i Uşâkî hazretlerine, kendisinin sultân olup olmayacağını anlamak üzere, bir mektupla hizmetçisini Uşak'a gönderdi. Uşak'a varan haberci, doğruca Hüsâmeddîn-i Uşâkî' ye giderek, huzura kabûl edilmesini ricâ etti. Huzûra kabûl edilen haberci, daha mektubu Hüsâmeddîn-i Uşâkî hazretlerine vermeden ve ziyâreti hakkında bir şey söylemeden, Uşâkî hazretleri ona; "Git! Şehzâdeye söyle! Hemen İstanbul'a hareket etsin. Filan gün saltanat tahtına oturacaktır." dedi. Haberci, hemen Manisa'ya dönerek müjdeyi Şehzâde'ye bildirdi. Şehzâde Murâd, vakit geçirmeden İstanbul'a hareket etti. Balıkesir'e geldiğinde, Vezîr-i âzam Sokullu Mehmed Paşa'nın gönderdiği elçilerle karşılaştı. Elçiler, Sadrâzamın mektubunu Şehzâde'ye verdiler. Mektubu okuyan Şehzâde, bu mektuptan babası Sultan İkinci Selîm'in vefât ettiğini, Sadrâzamın ölüm haberini halktan sakladığını ve kendisini tahta çıkarmak üzere dâvet ettiğini öğrendi. İstanbul'a giderek, Hüsâmeddîn-i Uşâkî'nin haber verdiği zamanda, Sultan Üçüncü Murâd Hân nâmıyla tahta geçti. Bu hâdiseden sonra, Sultan Murâd Hânın Hüsâmeddîn-i Uşâkî hazretlerine karşı sevgi ve hürmeti çoğaldı. Onun kâmil bir zât olduğuna güveni bir kat daha ziyâdeleşti ve kendisini İstanbul'a dâvet etti. Bunun üzerine Hüsâmeddîn-i Uşâkî, Uşak'tan ayrılıp, İstanbul'a geldiğin de; Pâdişâh, erkânı ve büyük bir halk topluluğu tarafından hürmet ve tâzim ile karşılandı. Aksaray civârında oturması için Hüsâmeddîn-i Uşâkî'ye bir ev tahsis edildi. Bir müddet orada kalan Hüsâmeddîn-i Uşâkî hazretleri, Pâdişâha yakınlığından istifâde etmek isteyenlerin verdiği sıkıntı yüzünden Uşak'a dönmeye karar verdi. Yol hazırlıklarının yapıldığını haber alan Pâdişâh, bu büyük zâtın İstanbul'da kalması için ricâda bulundu. Uşâkî hazretleri, Sultan Üçüncü Murâd Hânın ricâsını kabûl edip, İstanbul'da kalmağa karar verdi. Pâdişâhın emriyle Kasımpaşa civârında Hüsâmeddîn-i Uşâkî'nin adına bir dergâh inşâ edildi. Burada uzun zaman kalarak, çok talebe yetiştirdi. Sohbetlerinde çok kimseler kemâle geldi. Hilâfet verdiği talebelerini Anadolu'nun çeşitli yerlerine, halka doğru yolu göstermeleri için gönderdi.