Bir zaman Sultan İkinci Selîm Han bir donanma hazırlayıp sefere çıkılmasını ferman buyurdu. Donanma hazırlandığında donanma komutanı Kaptan-ı deryâ Beşiktaş’a geldi ve Yahyâ Efendiden duâ istedi. O zaman Yahyâ Efendi hazretleri üzüntülü ve sıkıntılı bir halde;“Allahü teâlâ bir şeyin olmasını takdir ettiyse, onu hayır duâ değiştiremez. Lâkin sizden gelecek kötü bir haberi işitmememiz için gece-gündüz Rabbime duâcıyım.” buyurdu ve donanma kaptanını uğurladı. Donanma o yıl düşmana karşı zafer kazanamadı. Bu haber İstanbul’a gelmeden önce Yahyâ Efendi hazretleri Hakk’ın rahmetine kavuştular. Buyurdukları gibi bu haberi duymadan âhirete gittiler.Beşiktâşî Müderris Yahyâ Efendi, ömrünün sonuna kadar Beşiktaş’taki yerinde, ibâdet ve mücâhede ile vakit geçirdi. 1569 (H.977) Zilhicce ayında, kurban bayramı gecesi vefât etti. Vefâtında seksen yaşına yaklaşmıştı. . Kurban bayramı günü, Süleymâniye Câmiinde, bayram namazından sonra cenaze namazı kılındı. Cenâze namazını Şeyhülislâm Ebüssü’ûd Efendi kıldırdı. Bahçesi yakınında bulunan ve daha önceden hazırladığı kabrine defnolundu. Cenâzesinde vezîrler, âlimler, zenginler ve fakirlerden müteşekkil çok kalabalık bir cemâat hazır bulundu. Bu cemâat, onun hâlinin iyi olduğuna, sonunun hayırlı olduğuna, tam ve âdil bir şâhitti. Vefât gecesinde; âlimler, hâfızlar, vâizler, imâmlar, tasavvuf büyükleri Kur’ân-ı kerîm okudular. Kelime-i tevhîd ve tesbîh ile o geceyi ihyâ edip, sevâbını o büyük zâtın rûhuna hediye ettiler. Kabri üzerine İkinci Selim Hân tarafından türbe yaptırıldı. Sonra gelen Osmanlı sultanları, Yahyâ Efendinin türbesinin, câmi ve zâviyesinin ve diğer külliyâtının bakım ve tâmirini büyük bir hassâsiyetle ve aksatmadan yapmışlardır.