Memlûklerin Safevîleri desteklemesi yüzünden Osmanlılarla arası açılmıştı. Sultan Gavri, İbrâhim Gülşenî hazrelerinin karşı çıkmasına rağmen, devlet adamlarının ısrarı üzerine, Yavuz Sultan Selîm üzerine yürüdü. Ancak yapılan savaşta hayâtını kaybetti. Onun yerine tahta çıkan Tomanbay, İbrâhim Gülşenî'ye gelip duâ istirhâm eyledi. Şeyh dedi ki: "Siz duâya kâbiliyet ve istidâd hâsıl eyleyin ki duâ size ulaşsın. Sultanların duâya istidâdı adâlettir. Ol dahi Allahü teâlânın kitâbı ile hüküm vermektir. Her kim Allahü teâlânın emri üzere hüküm etmez ise zâlimdir. Sultanım! Eğer makâm-ı selâmette olmak istersen, Selîm'e tâbi olasın." Bu nasîhatlere rağmen Tomanbay Ridâniye'de Yavuz'un karşısına çıktı. Bozguna uğradı, sonra yakalanarak îdâm edildi. Sultan Selîm Han böylece Mısır'ı zaptettiğinde, İbrâhim Gülşenî hazretleri onu:Azîzim hayr-ı makdem ömrümün vârı safâ geldin.Keremler eyledin gönlümün sultânı safâ geldin.Diyerek karşıladı. Yavuz Sultan Selîm Han da bu büyük âlime çok gönülden hürmet gösterdi. Pekçok yeniçeri ve sipâhi sohbetiyle şereflendi, duâsını alarak feyz ve bereketlerin den istifâde etmeye çalıştılar.Mısır'da İbrâhim Gülşenî hazretlerinin talebeleri ve sevenleri çoğaldı. Nâmı, zamânın sultânı Kânûnî Sultan Süleymân Hana erişti. Sultan Süleymân Han, onu İstanbul'a dâvet eyledi. İstanbul'a gelen İbrâhim Gülşenî hazretlerine çok hürmet gösterdi, ikrâmlarda bulundu. O sıralarda İbrâhim Gülşenî yüz dört yaşlarındaydı. Gözlerinde bir rahatsızlık hissediyordu. Görmesi çok zayıflamıştı. Durumu Pâdişâha arz eyledi. Sultan da Kehhâlbaşı'na (Sürmeci başına) emrederek, gerekli ihtimâmı göstermesini emretti. Kehhâlbaşı, bütün gayretini sarf ederek, Allahü teâlânın izniyle kısa zamanda yeniden gözlerinin açılmasına sebeb oldu. İbrâhim Gülşenî sıhhate kavuşunca, Çıkrıkçılar başındaki Atik İbrâhim Paşa Câmiinde halka vâz ve nasîhat etmeye başladı. Kısa zamanda İstanbulluların gönlünde taht kuran İbrâhim Gülşenî'ye, devlet erkânından ve halktan pekçok kimse talebe olmakla şereflendi. Pâdişâh, şeyhülislâm, âlimler ve evliyâ onun ilimdeki üstünlüğünü çok takdir ettiler. Bir müddet İstanbul'da kalan İbrâhim Gülşenî hazretleri, Pâdişâhtan izin alarak tekrar Mısır'a döndü.